เป็นองค์กรหลัก ดำเนินการให้มีการอนุรักษ์ คุ้มครอง และเฝ้าระวังภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย สมุนไพร และถิ่นกำเนิด ทั้งในระดับท้องถิ่น ระดับชาติ และระดับสากล

          ดำเนินการบังคับใช้พระราชบัญญัติคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย พ.ศ.๒๕๔๒ และร่วมจัดทำ หลักเกณฑ์ แนวทาง หรือมาตรการระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้อง เพื่อให้เกิดการอนุรักษ์ คุ้มครอง เฝ้าระวัง และพิทักษ์สิทธิภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย สมุนไพรและถิ่นกำเนิด อย่างยั่งยืน โดยใช้กลไกคณะกรรมการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย คณะอนุกรรมการ ภาคีเครือข่ายภาครัฐ ภาคเอกชน และประชาชน ทั้งในและต่างประเทศ