ยุทธศาสตร์ระดับชาติ
   1. ยุทธศาสตร์ตามพระราชบัญญัติคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย พ.ศ.2542
         ประเภทการคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
                1.ภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
                   1.1 ตำรับยาแผนไทยของชาติหรือตำราการแพทย์แผนไทยของชาติ
                   1.2 ตำรับยาแผนไทยทั่วไปหรือตำราการแพทย์แผนไทยทั่วไป
                   1.3 ตำรับยาแผนไทยส่วนบุคคลหรือตำราการแพทย์แผนไทยส่วนบุคคล
                2. สมุนไพร
                   ที่มีค่าต่อการศึกษาหรือวิจัย หรือมีความสำคัญทางเศรษฐกิจ หรือ อาจจะสูญพันธุ์
                3. พื้นที่เขตอนุรักษ์ นอกเขตอนุรักษ์ และที่ดินเอกชนที่เป็นถิ่นกำเนิดของสมุนไพร
                   ที่มีระบบนิเวศตามธรรมชาติ หรือมีความหลากหลายทางชีวภาพ

   2. วิสัยทัศน์และทิศทางของแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ  ฉบับที่ 11 (2555-2559)
              "คนไทยภาคภูมิใจในความเป็นไทย มีมิตรไมตรีบนวิถีชีวิตแห่งความพอเพียง ยึดมั่นในวัฒนธรรม
       ประชาธิปไตยและหลักธรรมาภิบาล การบริการสาธรณะขั้นพื้นฐานที่ทั่วถึง มีคุณภาพ สังคมมีความปลอดภัย
       และมั่นคงอยู่ในสภาวะแวดล้อมที่ดี เกื้อกูลและเอื้ออาทรซึ่งกันและกัน ระบบการผลิตเป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อม
       มีความมั่นคงด้านอาหารและพลังงาน อยู่บนฐานทางเศรษฐกิจที่พึ่งตนเองและแข่งขันได้ในเวทีโลก
       สามารถอยู่ในประชาคมภูมิภาคและโลกได้อย่างมีศักดิ์ศรี"

    3. ยุทธศาสตร์ชาติ การพัฒนาภูมิปัญญาไท สุขภาพวิถีไท ฉบับที่ 2 (พ.ศ.2555-2559)
        ยุทธศาสตร์ที่ 5 การคุ้มครองภูมิปัญญาไทย ด้านการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้าน

ยุทธศาสตร์กระทรวงสาธารณสุข
    2. ส่งเสริมและสนับสนุนการวิจัย พัฒนา ถ่ายทอดภูมิปัญญาด้านการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้าน
การแพทย์ทางเลือก และสมุนไพร  การคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร

ยุทธศาสตร์กรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก
  1. พัฒนาระบบบริการการแพทย์แผนไทยให้เป็นศูนย์กลาง (Thai Traditional Medical Service Hub)
  2. พัฒนาระบบบริหารจัดการที่มีประสิทธิภาพ (Admin Reform)
  3. ส่งเสริมสร้างศักยภาพให้ไทยเป็นแหล่งผลิตและพัฒนาผลิตภัณฑ์สมุนไพร (Herbal Product Hub)
  4. การเป็นศูนย์กลางการศึกษาและวิจัยการแพทย์แผนไทย (Thai Traditional Medical Academic Hub)
  5. พัฒนาระบบและกลไก การคุ้มครองภูมิปัญญาไทย (Herbal and Thao Wisdom Protection and Promotion)

ยุทธศาสตร์การคุ้มครอง และส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย (ฉบับที่ 1) พ.ศ.2558 - 2569
    1. ส่งเสริมการอนุรักษ์ คุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย สู่การเฝ้าระวังสิทธิและใช้ประโยชน์
    2. สนับสนุนกลไกการอนุรักษ์ คุ้มครองสมุนไพร และถิ่นกำเนิดให้ครอบคลุม และทันต่อสถานการณ์
    3. เสริมสร้างกลไกการมีส่วนร่วมของภาคีเครือข่าย
    4. พัฒนาระบบสารสนเทศภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย และสมุนไพร
    5. การพัฒนาโครงสร้างองค์กรและกรอบอัตรากำลังบุคลากรของนายทะเบียนกลาง
       และนายทะเบียนจังหวัด