พระราชบัญญัติคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย  พ.ศ.2542 ได้ประกาศใน ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 116
ตอนที่  120 ก  ลงวันที่  29  พฤศจิกายน  2542   และมีผลบังคับใช้ตั้งแต่   วันที่  27  พฤศจิกายน 2543 โดยพระราชบัญญัตินี้
มีวัตถุประสงค์เพื่อคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพรสถาบันการแพทย์แผนไทยจึงได้เปลี่ยนแปลง
โครงสร้าง ภายใน กำหนดให้มีกลุ่มงานคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพรขึ้นตั้งแต่ปี 2544 เป็นต้นมา

        ต่อมาเมื่อวันที่ 11 กรกฎาคม 2551 คณะกรรมการพัฒนาโครงสร้างระบบราชการของกระทรวงสาธารณสุข  เห็นชอบการ
ยกฐานะกลุ่มงานคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร  เป็นสำนักคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร 

        กรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก  จึงได้มีคำสั่งที่ 179/2551 ลงวันที่ 25 กรกฎาคม  2551  เรื่อง
การกำหนดส่วนราชการและการปฏิบัติราชการ    กรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก    โดยได้กำหนดให้สำนัก
คุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร เป็นหน่วยงานไม่ต่ำกว่ากองหรือเทียบเท่ากอง มีผู้อำนวยการสำนัก เป็นผู้บังคับ
บัญชาและรับผิดชอบการปฏิบัติราชการ และมีการบริหารจัดการแบ่งงานภายใน เป็น 1 งาน 3 กลุ่มงาน คือ 
          1) งานบริหารทั่วไป 
          2) กลุ่มงานอนุรักษ์ คุ้มครองตำรับยาและตำราการแพทย์แผนไทย  
          3) กลุ่มงานอนุรักษ์ คุ้มครองสมุนไพรและถิ่นกำเนิด 
          4) กลุ่มงานเฝ้าระวังและพิทักษ์สิทธิ  

          1. กำหนดทิศทาง เป้าหมาย ผลผลิตการอนุรักษ์และคุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยให้สอดคล้องกับนโยบาย
และยุทธศาสตร์ประเทศ รวมทั้งกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย     
 
          2. ดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง

          3. รับผิดชอบงานธุรการและงานวิชาการของคณะกรรมการคุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
และคณะอนุกรรมการที่เกี่ยวข้อง

          4. รวบรวม อนุรักษ์ คุ้มครองภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย สมุนไพร ถิ่นกำเนิด รวมทั้งทรัพยากรความหลากหลาย
ทางชีวภาพและภูมิปัญญาท้องถิ่นที่เกี่ยวข้อง สังเคราะห์และใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน      

          5. ดำเนินการเฝ้าระวัง พิทักษ์สิทธิ และป้องปรามการละเมิดภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย และสมุนไพรไทย ทรัพย์สิน
ทางปัญญา ทรัพยากรความหลากหลายทางชีวภาพ และมรดกภูมิปัญญาทางวัฒนธรรมที่เกี่ยวข้อง ทั้งในระดับท้องถิ่น
ระดับชาติ และระดับสากล


          6. สนับสนุน และกำกับติดตามการดำเนินงานตามบทบาทนายทะเบียนกลาง และนายทะเบียนจังหวัดตามพระราชบัญญัติ
คุ้มครองและส่งเสริมภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย พ.ศ.2542

          7. จัดทำระบบและกลไกการเข้าถึงและแบ่งปันผลประโยชน์จากทรัพยากรความหลากหลายทางชีวภาพและภูมิปัญญา
การแพทย์แผนไทย รวมทั้งภูมิปัญญาท้องถิ่นที่เกี่ยวข้องอย่างเท่าเทียมและเป็นธรรม

           8.ปฏิบัติงานร่วมหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย